Contexte et Objectifs
Les patients identifiés infectés par le SARS-CoV-2, présentant un CT<28, et suspectés de présenter un variant V2 ou V3, ou négatif pour V1, V2, et V3 bénéficient d’un séquençage du virus (génome complet en NGS).
Les variants inconnus ou en surveillance bénéficient d’une remontée des informations à l’échelon individuel auprès de l’ARS permettant un contrôle et un signalement approprié.
Objectif : Décrire et caractériser deux variants détectés chez trois patients, le N440K, et le variant indien E484Q et L452R.
Intérêt
De plus en plus de génomes du coronavirus devront être séquencés afin d’identifier rapidement l’émergence de variants. En considérant le possible échappement immunitaire induit par les mutations N440K, E484Q, et L452R, ces nouveaux variants devront être sondés afin d’empêcher une rapide diffusion du virus.
Cohorte étudiée
Trois patients infectés par le SARS-CoV-2 constituent cette étude de cas : deux patients chez lesquels le variants N440K a été retrouvé ; et un patient chez lequel les variants E484Q et L452R ont été détectés.
Données
Les données sont issues du système de gestion de l’information du laboratoire (SIL) ; elles sont stockées sur un serveur sécurisé du laboratoire
Etat d’avancement de l’étude
Article en cours d’évaluation
(https://doi.org/10.1101/2021.05.12.443357)
